单独计税和合并计税，适合的是不同的年终奖发放方式。
举两个例子：
A公司小王，2020年工资扣除三险一金、免征额等后，应纳税所得额15万元，年终奖3万元。按单独计税的方式，小王年终奖共需缴纳900元个税，年终奖到手29100元；按合并计税的方式，相当于年终奖扣税6000元，到手24000元。对小王来说，两种计税方式下，到手的年终奖差了5100元。
B公司小李，2020年工资扣除三险一金、免征额等，应纳税所得额3万元，年终奖27万元。如果单独计税，小李年终奖共需缴税52590元，工资缴税900元，合计53490元。如果合并计税，则共需缴纳个税43080元。对小李来说，两种计税方式取得的年收入相差10410元。
总结一下，单独计税适用于工资高于年终奖的员工，合并计税则适用于年终奖较多的员工。
本文来自东方前沿网
2.为什么年终奖要全部纳入综合所得？
过去年终奖都是单独计税的，就存在甲和乙两个人工薪收入算下来都一样多，但由于发放方式不同，导致缴纳税款不同的情况，是有失公平的。
比如，两人纳税年收入均为20万元，但甲年终奖10万元，其余工资10万元；乙没有年终奖，全部是工资收入。那么按照现行税率、年终奖单独计税，甲只要缴17270元个税，乙却要缴23080元个税。
另外，年终奖单独计税还存在“断档”区间。在这些区间内，税前奖金多的，扣完税到手后反而拿得少。比如丙年终奖拿了12000元，缴纳360元个税后到手11640元；丁年终奖拿了12300元，缴纳1050元个税后到手11250元。丁最终拿到的没有丙多。
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