荣誉获奖
 
2011年8月获国家杰出青年科学基金资助
 
2012年获霍华德·休斯医学研究所国际青年科学家
 
2012年12月获中国青年女科学家奖
 
2014年12月入选选教育部“长江学者奖励计划”特聘教授
 
2015年2月获国际蛋白质学会“青年科学家奖”，表彰其在跨膜物质运输的结构生物学领域所做出的一系列杰出工作
 
2015年10月获赛克勒国际生物物理奖，表彰其对包括具有里程碑意义的人源葡萄糖转运蛋白GLUT1在内的关键膜蛋白的结构生物学研究做出突出贡献
 
2016年6月因观察到了蛋白质在原子层面如何工作，并对细胞膜上嵌入蛋白质的结构展开了深入研究，入选《自然》杂志评选的“中国科学之星“”（Science stars of China）
 
2016年12月基于“肌肉兴奋-收缩偶联的分子机理探索”项目入选2016年度“中国高等学校十大科技进展”
 
2017年3月15日，华人盛典组委会公布颜宁获得 2016-2017 年度 “影响世界华人大奖” 提名