十年过去了，符命与异兆所预言的太平盛世并没有到来。连年天灾人祸导致民不聊生，百姓苦不堪言，各地纷纷揭竿而起。就在此时，消失十年的竹简再度出现了，掀起一阵波澜。在这个乱世中，玩家将扮演主角太史昭，闯荡西汉末年的中原大地，找出这一切事件背后的原因。

 

值得一提的是，在本作中墨家机关术再度登上舞台。在本代中登场的，将是墨家门派中最为神秘的一支——“商墨”。据了解，“商墨”源自《轩辕剑肆：黑龙舞兮云飞扬》中的白舆老人一脉。白舆曾因私自钻研机关术，被巨子桑纹锦驱逐出墨家，尔后辗转与《轩肆》主角水镜、姬良一行人相遇。在协助完成对抗秦军后，白舆离开众人并于商山定居，最终形成这个支脉。