编导第三个主要的质疑针对93号航班。好莱坞后来还拍摄了一部电影，名字就叫《93号航班》，很感人。但是纪录片编导指出，这是一个伪造的故事。美国官方指出，93号原规划撞向白宫，后坠毁于宾夕法尼亚。然而，第一时间赶到现场的记者发明，坠毁现场只有一个5-7米长，宽约3米多的坑。赶到现场的验尸官说，没有任何乘客的尸体。纪录片编导认为，93号航班的坠毁是伪造的。真实情形是，93号航班大约在10点45分左右，下降于俄亥俄州霍普金斯机场，官方说93号航班上有200名乘客，纪录片编导觉得只有少数几个特工。2003年5月10日，航空公司的一名工作人员，在芝加哥O’Hare机场发明，美联1111航班的尾部有一个编号：N591UA。普通人可能不清楚这个编号的含义，专业人员知道，这个编号原先属于93号航班！而这两个航班的机型都是757。
如果要质疑93号航班的坠毁，如何解释飞机上乘务员、乘客与地面的通话呢？纪录片编导播放了911委员会提供的电话录音，一名女乘务员在向地面报告有3人死亡，本身也不能呼吸的时候，声音镇定、平缓，没有任何紧张或气喘，声音背景干清洁净，没有任何杂音。一个乘客给母亲打电话时，报的是自身的英文全名！有“好事者”做了这样的实验：在航班正常飞行的高度，手机与地面电话的接通率是0.6%。911事件3年后，2004年，美航为了让乘客在飞机上也能正常使用手机，特地在飞机上安装了一个信号基站。而911的时候，飞机上没有这个东西。93号航班上给妈妈打电话的那位乘客，通了断了好几次，依照没有基站时0.6%的接通率，几乎不可能。编导觉得，电话录音是伪造的。
美国官方对于几架飞机黑匣子的说法是，有的没有找到，有的找到了，但数据已经被损坏，无法恢复，因此不能从黑匣子里得知当时飞机上的情形。纪录片编导指出，在世贸大楼坍塌的废墟里，官方居然找到了一个劫机可怕分子的护照！护照能够完好无损，黑匣子居然被损坏，可能性也许有，但真的很小很小。同时，有目击者说，在世贸废墟里，确切找到了黑匣子。人们相信谁呢？
